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HBV感染后病毒分泌的蛋白释放入血导致相应的抗体产生。病毒的抗原抗体共有三个系统，但因核心抗原在血清中一般不易检出，仅其余两对半在血液中可检测出，故俗称“两对半”。
表面抗原(HBsAg)和表面抗体(HBsAb)
HBsAg是乙肝病毒的外膜蛋白，病毒感染后即释放到血液中，HBsAg阳性代表机体受到了乙肝病毒感染，但当病毒在肝细胞中复制时，HBV DNA可部分或全部整合到肝细胞DNA中，并可继续产生HBsAg，故HBsAg很难清除，即使在肝炎临床治愈后仍可能持续存在，但传染性很低。HBsAb是HBsAg刺激机体产生的特异性抗体，是机体对乙肝病毒产生免疫力的保护性抗体，在肝炎或注射疫苗后产生，是机体对乙肝病毒产生反抗力的标志。
e抗原(HBeAg)和e抗体(HBeAb)
e抗原是病毒的分泌型核壳蛋白。HBeAg和HBeAb是观察病情和疗效的最重要的指标：HBeAg阳性时，病毒复制活跃，传染性强大，通常病情属于活动期；当免疫系统被激发，病毒复制减弱并逐渐被清除，HBeAg转阴，并产生HBeAb(即HBeAg-／HBeAb+称为血清转换)，此时大多病毒复制停止，病变活动静息，因此出现，血清转换是判定病情趋向和药物疗效的一个重要指标。
核心抗体(HBcAb)
核心抗原是病毒的结构型核壳蛋白，在血液中一般检测不出，具抗原性很强，可诱发机体产生核心抗体HBcAb。该抗体含量高代表病毒感染并常伴有肝脏炎症，而HBcAb的降低代表病情趋向好转，低含量HBcAb表示过去感染。
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